就在少林寺被查抄没几天后，全国各地的调查组在锦衣卫和守备军的配合下开始大规模出击。
浙江灵隐寺，江南诸多寺庙之首，也在查抄范围中。
这家寺庙平时名声很好，主要他们很会装样子。可想想他们所处的地方，就知道不可能有多好。
锦衣卫查了几年，才将灵隐寺的底细查清楚。
他们是东林党的合作者，在当地配合东林党坏事做尽，不过都很隐蔽，而且寺内窝藏众多逃犯，包括一直在通缉的东林党人顾大章。
并且寺内秘密训练了上千名武僧，各种装备齐全，甚至还有两门火炮，这都是朱由校登基之前弄到的。
自从朱由校清理朝堂后，顾大章就带人躲在这里，并且加紧了武僧训练，以期寻找到刺杀朱由校的机会。
在他们想来，只要朱由校死了，被压制的地主士绅就会重新出手，拨乱反正。
刚开始灵隐寺还有些不情愿，可惜被东林党抓住了把柄，不得不配合。可是当土地税收改革后，灵隐寺在朝廷压力下，不得已低价售卖了掌握的三十多万亩良田，对朱由校的恨意直接突破天际。
所以现在和剩下的东林党几人积极配合，寻找什么时候朱由校再次出来，一击必杀的机会。
这些情况都被锦衣卫查清楚了，所以这次浙江守备军直接抽调了一个卫，将所有灵隐寺周边的通道都封锁住，保证不会有一个人逃走。
虽然这些武僧被训练的相当不错，可在现在的大明军队面前，也只靠地形抵挡了两个时辰。
灵隐寺内所有人都被抓获，没跑掉一个人，同时借着审问顾大章得到的情报，又剿灭了二十多家依旧和东林党有联系的士绅，同时剩余的东林党也基本都被抓了。
各地道教虽然比那些和尚好点，但也有不少被剿灭的，正一道和全真道都有。
几个之前被朱由校封赏的全真道道观真人也是快马加鞭来到京城，整天就跟着龙虎山的人一起，生怕这些正一道的牛鼻子趁机下黑手。
谁让现在龙虎山总管天下道教呢，能和朝廷说的上话。他们虽然也被册封了，但之前全真道主张出世，很少和朝廷有交集。
现在一遇到事，顿时麻瓜了。几个全真道领头的，已经决定之后也学着龙虎山派点人在京城盯着，想出世得先入世啊！
不只是中原地区，乌思藏和蒙古那边都是同时进行，朝廷也做了充分的宣传，反正就是清除那些借着活佛名义做坏事的。
别管其他人信不信，反正两个活佛都很配合。
这场对于宗教的大清洗花了三个月才完成，当郑耀先将收获汇总给朱由校后，朱由校都震惊了。
“陛下，此次对各地宗教的行动，共收获白银三亿五千万两，黄金一千三百万两，粮食一千两百万石，其他珠宝字画等三千车。”
“除了这些，最大的收获就是铜了，除了铜钱，各地缴获的铜料以及铜活像到现在还没清点完毕，根据推测，大概价值天启通宝上千亿枚不止！”
朱由校都有些震惊，知道这些方外之人有钱，但没想到这么多啊！
“怎么这么多？”
“陛下，光一个少林寺就有白银四千万两，黄金两百万，古玩字画无数！相对来说，和尚比道士有钱。”
这倒是，朱由校点点头，“抓了多少人？”
“这次共查封道观一百多家，寺庙两千两百多座，相当于整个大明的六成，喇嘛庙一百余家。共抓获人口六十多万！”
“将那些有罪的以及各处道观寺庙主事人全部处死，其余人全部流放到中南半岛，劳作三年后放为平民！”
“是！”
“另外通知各地守备军派人将财物全部送到京城，白银全部送到宝泉局铸成银币充入国库，黄金和古玩字画收入内库。粮食和其他东西就地存放，锦衣卫做好监督！”
伴随着朱由校一声令下，被直接处死了三千多人，其余的全部送往中南半岛。
一时间整个大明剩下的不管是道观还是寺庙、喇嘛庙都是紧闭门户，门都不敢出。
也就是宗教还有用，要不然剩下这些至少还得被灭了一半，他们不是没有错误，只是不严重，所以都是被处以重金处罚。
刚开始还有寺庙想赖账，可三个月后，那一个个是争先恐后的往府衙跑，生怕去晚了朝廷大军就来了。
这一个月各地的方丈、真人等每天都能收到哪里的又被查抄了，睡觉都睡不着。
同时各地百姓也是开了眼界，平时一个个看着很神圣的高僧没想到背地里都是破财灭家的主。
像是有的寺庙宣扬求子灵验，实际上却是给人下药自己上，还有在背地里养打手专门抢劫的，放高利贷的，甚至开青楼的都有。
这对百姓的信仰打击相当大，一时间各地寺庙道观都是香火惨淡，想恢复还不知道要到什么时候。
等这些都处理完，时间已经来到九月了。
这段时间朱由校也不好过，山西、陕西、河南大旱，山东和北直隶也受到了影响，结果浙江却发了洪水，各地请求救灾的文书不停发到朝廷。
朱由校忙的是团团转，好在各地粮食储备充足，受灾百姓都还能吃上饭，而且各地官府反应也快，在守备军的配合下，倒是没出什么乱子。
朱由校直接拨款四千万银币下去，用于以工代赈，北方各地又开始了大规模修路和新修水利。
利用山东灾民又将运河开始疏通拓宽，河南这边河道总督则是开始大规模修筑黄河大堤，同时清理泥沙。
好在陕西目前剩余的人不多，而且基本都集中在南方，要不然朱由校想死的心都有了。因为这里不仅干旱最严重，还跟着又起了蝗灾，原本还算好的西安等地今年都是颗粒无收了。
南方粮食沿着运河源源不断的往河南山东运输，至于山西和陕西，那就只能靠朱由校兑换了。
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